员工在公司工作不到一年，病假3个月且后续需化疗，公司处理过程中可能面临以下法律风险：1.违法解除劳动合同风险：若员工医疗期未满，或虽医疗期满但公司未先安排其他工作就直接解除合同，员工可主张违法解除劳动合同赔偿金。例如，员工实际工作年限十年以下，本单位工作年限不满五年，医疗期为三个月，若公司在员工病假3个月后未协商调岗直接解除合同，即可能违法。2.病假工资支付不足风险：若公司未按规定支付病假工资，员工可要求公司补足差额。例如，当地最低工资标准为2000元月，公司仅按1000元月支付病假工资，员工有权要求公司补足至1600元月（2000×80%）。
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针对员工在公司工作不到一年，病假3个月且后续需每20天化疗一次的情况，公司处理需遵循医疗期规定。以下从不同情况为你详细说明：1.如果员工实际工作年限十年以下，在本单位工作年限不满五年：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期为三个月。员工已病假3个月，若医疗期满且不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，公司可提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资后解除劳动合同。2.若员工能提供医疗机构出具的需继续治疗的有效证明，且属于病情特别严重的特殊情况：公司应考虑是否需延长医疗期，员工需依法申请并提供医疗机构证明，经审批后可适当延长医疗期。
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员工在公司工作不到一年，病假3个月且后续需化疗，以下特殊情况或例外情形可能影响公司处理：1.员工在医疗期内严重违反企业规章制度：若员工在病假期间存在严重违反公司规章制度的行为（如提供虚假病假证明），公司可依据《劳动合同法》第三十九条规定解除劳动合同，无需支付经济补偿金。这种情况下，公司处理方式将从协商调岗或支付经济补偿解除，转变为直接单方解除。2.企业因经营困难无法支付医疗期工资：若公司因经营严重困难，确实无法按规定支付病假工资，需与员工协商解决，如签订延期支付协议等。若未协商直接拖欠，员工可向劳动行政部门投诉，公司可能面临行政处罚。3.员工属于职业病或因工负伤导致的癌症：若员工的癌症被认定为职业病或因工负伤，将适用《工伤保险条例》，公司需承担工伤赔偿责任，医疗期和待遇按工伤相关规定执行，而非普通医疗期规定。
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员工在公司工作不到一年，病假3个月且后续需化疗，公司处理的法律依据主要来自《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》。《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》（1994年发布）第三条明确：“企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月。”该员工在公司工作不到一年，实际工作年限通常在十年以下，故其医疗期为三个月。目前员工已病假3个月，若医疗期满，公司在符合法定条件下可解除劳动合同；若员工能证明病情严重需延长医疗期，可按规定申请延长。

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